PNAS新發(fā)現(xiàn)：中國(guó)科學(xué)家發(fā)現(xiàn)大豆新型光信號(hào)調(diào)控因子GmEID1，在大豆的生態(tài)區(qū)適應(yīng)性和產(chǎn)量改良方面潛力巨大
大豆的開(kāi)花時(shí)間和株型結(jié)構(gòu)是對(duì)光周期極為敏感的，這限制了大豆優(yōu)良品種的引種推廣以及產(chǎn)量的提高。眾所周知，光信號(hào)通過(guò)光敏色素A（E3/E4）調(diào)節(jié)一個(gè)生物鐘夜間復(fù)合物（EC）關(guān)鍵組分J，以控制光周期性開(kāi)花。然而，其分子機(jī)制仍不清楚。
近日，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院作科所和廣州大學(xué)的聯(lián)合研究團(tuán)隊(duì)在《PNAS》在線發(fā)表了題為“GmEID1 modulates light signaling through the Evening Complex to control flowering time and yield in soybean”的研究論文，介紹了研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)大豆GmEID1蛋白作為連接E3/E4感知的光信號(hào)和生物鐘夜間復(fù)合物（EC）的橋梁，參與調(diào)控大豆開(kāi)花抑制因子E1基因表達(dá)。此外，研究發(fā)現(xiàn)GmEID1可作為調(diào)節(jié)大豆開(kāi)花時(shí)間的目標(biāo)位點(diǎn)，在通過(guò)基因編輯和常規(guī)育種改良大豆的生態(tài)區(qū)適應(yīng)性和產(chǎn)量方面有很大的潛力。1、GmEID1是開(kāi)花期的調(diào)控因子（圖1）。在長(zhǎng)日照（LD）條件下，大豆編碼光敏色素A識(shí)別蛋白的E3和E4基因會(huì)促進(jìn)豆科植物特異的開(kāi)花抑制子E1的表達(dá)，導(dǎo)致花期延遲。研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)RNA-seq方法挖掘到一個(gè)與E1相反的節(jié)律性表達(dá)模式的基因GmEID1，與擬南芥中的EID1（AtEID1）基因同源（該基因編碼一個(gè)F-box蛋白，參與PHYA介導(dǎo)的光信號(hào)傳導(dǎo)途徑）。與J基因類似，GmEID1基因在地上組織高度表達(dá)（包括葉片和嫩梢組織），其亞細(xì)胞信號(hào)定位于細(xì)胞核中，這表明GmEID1很有可能參與大豆中GmPHYA介導(dǎo)的光信號(hào)傳導(dǎo)途徑。為了驗(yàn)證這一猜想，研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了Tianlong1（TL1）遺傳背景下的CRISPR/Cas9突變體Gmeid1-1和Gmeid1-2、Williams82（W82）遺傳背景下的CRISPR/Cas9突變體Gmeid1-3和Gmeid1-4、Tianlong1（TL1）遺傳背景下的35S::YFP-GmEID1過(guò)表達(dá)材料。表型分析結(jié)果顯示，在LD和SD條件下GmEID1基因敲除或者過(guò)表達(dá)分別會(huì)引起明顯的晚花或早花表型（圖1 B-D）。這表明GmEID1基因調(diào)控大豆的開(kāi)花與光周期無(wú)關(guān)。
圖1 GmEID1是一個(gè)開(kāi)花增強(qiáng)子基因
2、GmEID1抑制E1的轉(zhuǎn)錄（圖2）。為了深入了解GmEID1是如何促進(jìn)開(kāi)花的，研究團(tuán)隊(duì)比較了在LD或SD條件下野生型TL1和Gmeid1突變體中關(guān)鍵開(kāi)花基因的晝夜表達(dá)水平。qRT-PCR結(jié)果表明，與TL1相比，GmFT2a和GmFT5a的mRNA水平在Gmeid1突變體中要低得多（圖2 A-D）。但與TL1相比，GmEID1過(guò)表達(dá)品系中的GmFT2a和GmFT5a的mRNA轉(zhuǎn)錄水平有所增加。同樣的，E1 的mRNA轉(zhuǎn)錄水平在Gmeid1突變體中被顯著上調(diào)（圖2 E-F），在GmEID1過(guò)表達(dá)品系中則下調(diào)。有趣的是，E1上游的生物鐘組份基因J、GmCCA1a和GmPRR3b并沒(méi)有在晝夜條件下表現(xiàn)出明顯的變化，Gmeid1突變體和GmEID1過(guò)表達(dá)品系中均是如此。上述結(jié)果表明，GmEID1基因通過(guò)抑制E1的表達(dá)來(lái)促進(jìn)大豆開(kāi)花。
圖2 開(kāi)花期相關(guān)基因在敲除突變體和對(duì)照材料中的時(shí)間性表達(dá)
3、GmEID1與J互作促進(jìn)開(kāi)花（圖3）。鑒于GmEID1和J在抑制E1表達(dá)以及促進(jìn)開(kāi)花方面有相似的表現(xiàn)，再加上在Gmeid1突變體和GmEID1過(guò)表達(dá)品系中J的表達(dá)都沒(méi)有明顯的變化，研究團(tuán)隊(duì)推測(cè)GmEID1可能通過(guò)與J的相互作用而發(fā)揮作用。與這一假設(shè)相一致的是，β-半乳糖苷酶活性試驗(yàn)表明，GmEID1不僅與J/GmELF3a相互作用（圖3A），而且還與其他兩個(gè)ELF3同源蛋白GmELF3b-1和GmELF3b-2相互作用。此外，其他潛在的EC組份（包括GmELF4a和GmELF4b，但不包括GmLUX1和GmLUX2）也顯示了與GmEID1的相互作用的信號(hào)（圖3A）。GmEID1和GmELF3s之間的物理互作通過(guò)共免疫沉淀（Co-IP）實(shí)驗(yàn)和雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)得到了進(jìn)一步的證實(shí)。這些結(jié)果表明，GmEID1可能通過(guò)與GmELF3s和GmELF4s相互作用來(lái)影響EC的活性，從而調(diào)控開(kāi)花時(shí)間。4、GmEID1增強(qiáng)了J蛋白的表達(dá)豐度（圖3）。考慮到GmEID1是一個(gè)F-box蛋白，很有可能作為一個(gè)E3連接酶通過(guò)泛素途徑破壞目標(biāo)蛋白的穩(wěn)定性而發(fā)揮作用。為了測(cè)試GmEID1是否影響了J蛋白的穩(wěn)定性，研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)構(gòu)建野生型W82和突變體Gmeid1-4突變體背景下的35S::J-3xFlag根系誘導(dǎo)胼胝體表達(dá)（RICE）系統(tǒng)，比較多個(gè)遺傳轉(zhuǎn)化體系中的J蛋白表達(dá)豐度。結(jié)果顯示，W82遺傳背景下的J-Flag蛋白表達(dá)水平高于Gmeid1-4突變體背景，表明GmEID1與J-Flag的表達(dá)豐度呈正相關(guān)。特別的是，在W82背景下J-Flag蛋白的豐度與它的轉(zhuǎn)基因mRNA水平呈正相關(guān)，而Gmeid1-4突變體則不然。此外，Gmeid1-4突變體中的E1的的整體表達(dá)水平高于野生型。為了測(cè)試了GmEID1是以什么樣的表達(dá)模式來(lái)影響J蛋白的豐度，研究團(tuán)隊(duì)選取了兩個(gè)表達(dá)水平相似的有代表性的根系誘導(dǎo)胼胝體，野生型W82背景的J-Flag/W82 #2和Gmeid1突變體背景的J-Flag/Gmeid1 #3（圖3 C-D）。免疫印跡結(jié)果表明，Gmeid1突變體中的J-Flag蛋白水平比野生型W82的低（圖3 C、E）。為了測(cè)試GmEID1和J之間的遺傳關(guān)系，研究團(tuán)隊(duì)將W82遺傳背景的Gmeid1-3和Gmeid1-4的突變體與j突變體進(jìn)行雜交。分子分析表明，Gmeid1-4很可能是一個(gè)由移碼突變產(chǎn)生的功能缺失突變體，而Gmeid1-3可能是一個(gè)弱突變體，轉(zhuǎn)錄一個(gè)缺少17個(gè)氨基酸不完整的GmEID1蛋白。Gmeid1-4突變體比Gmeid1-3突變體開(kāi)花期更晚。在LD和SD條件下，j突變體的開(kāi)花期均與Gmeid1-3突變體相似，但比Gmeid1-4突變體早（圖3 F、G），這表明GmEID1不僅能穩(wěn)定J蛋白，也能穩(wěn)定其他的J相似蛋白，包括GmELF3b-1和GmELF3b-2（圖3 A-B）。此外，Gmeid1-3/j和Gmeid1-4/j的開(kāi)花期分別與Gmeid1-3和Gmeid1-4的開(kāi)花期相似（圖3 F、G），這表明GmEID1和J在同一遺傳途徑中發(fā)揮作用。
圖3 GmEID1與EC互作影響J蛋白的表達(dá)豐度來(lái)調(diào)控開(kāi)花時(shí)間
5、光依賴的E3/E4與GmEID1的互作，干擾了GmEID1與J蛋白的互作（圖4）。研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)β-半乳糖苷酶的活性測(cè)定實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，在獨(dú)立的紅光或遠(yuǎn)紅光條件下，光受體E3和E4能夠與GmEID1互作（圖4A）。Gmeid1/e3雙突變體的開(kāi)花期與Gmeid1突變體一樣晚（圖4B），這表明Gmeid1突變體可以完全抑制e3突變體的早花表型，GmEID1基因是E3基因的上游基因。接下來(lái)研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)Co-IP的方法鑒定E3是否影響GmEID1和J的互作（圖4C），結(jié)果顯示GmEID1-YFP和J-Flag蛋白不與E3-Flag蛋白共表達(dá)。無(wú)論是光照還是黑暗的條件，在沒(méi)有E3-Flag的情況下，J-Flag同樣能被GmEID1-YFP共沉淀。然而，在E3-Flag存在的情況下，白光或者遠(yuǎn)紅光條件下，J-Flag被GmEID1-YFP共沉淀的量要比黑暗條件下少得多（圖4C）。以上結(jié)果表明光活化的E3/E4可以破壞GmEID1-J的互作，同時(shí)，E3/E4也許能促進(jìn)J蛋白的降解。為了驗(yàn)證E3/E4能促進(jìn)J蛋白的降解猜想，研究團(tuán)隊(duì)利用RICE系統(tǒng)比較了E3/E4存在或缺失情況下J-Flag的表達(dá)豐度。結(jié)果顯示，在e3或e3e4突變體背景下J-Flag蛋白表達(dá)水平高于野生型（圖4D）。研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)J-Flag mRNA表達(dá)水平和J-Flag蛋白轉(zhuǎn)錄水平之間的相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)，J-Flag蛋白在e3e4或e3突變體中的表達(dá)積累比野生型更高效（圖4F）。鑒于E3和E4介導(dǎo)光周期信號(hào)來(lái)調(diào)節(jié)開(kāi)花時(shí)間，研究團(tuán)隊(duì)用一個(gè)穩(wěn)定的過(guò)表達(dá)J-HA蛋白的轉(zhuǎn)基因大豆品系來(lái)測(cè)試晝長(zhǎng)是否會(huì)影響J蛋白的豐度。結(jié)果表明，J-HA蛋白的水平在SD條件高于LD條件（圖4 E、G）。耐人尋味的是，J-HA蛋白表達(dá)在光照期間逐漸逐漸增加，這可能與E3/E4的mRNA和蛋白質(zhì)在白天逐漸下降有關(guān)（圖4 G）。綜上所述，光活化的E3和E4作為一種競(jìng)爭(zhēng)性的抑制子來(lái)干擾GmEID1-J的互作，從而促進(jìn)E1基因的表達(dá)，抑制大豆的開(kāi)花。
圖4 光活化的E3/E4與GmEID1互作抑制GmEID1與J的互作來(lái)促進(jìn)J蛋白的降解
6、GmEID1蛋白的失活能夠改良大豆的適應(yīng)性和產(chǎn)量表現(xiàn)（圖5）。Gmeid1突變體除了開(kāi)花期延遲，還表現(xiàn)出主莖粗壯、節(jié)間變短、節(jié)數(shù)和分枝增多的表型。研究團(tuán)隊(duì)在四個(gè)不同緯度地區(qū)（長(zhǎng)春、北京、許昌和三亞）對(duì)該材料進(jìn)行了產(chǎn)量的評(píng)估，結(jié)果顯示Gmeid1的單株產(chǎn)量在各地區(qū)均顯著增加，尤其是在TL1親本品種的主要推廣地（許昌），在正常種植密度下Gmeid1的單株產(chǎn)量較親本增產(chǎn)17.2%。
圖5在一個(gè)廣泛的維度區(qū)域內(nèi)，GmEID1基因的截?cái)嗄軌蛟黾哟蠖沟漠a(chǎn)量
綜上所述，研究團(tuán)隊(duì)不僅解析了大豆GmEID1蛋白作為連接E3/E4和EC復(fù)合物的橋梁進(jìn)而調(diào)控E1表達(dá)的分子機(jī)制，同時(shí)創(chuàng)制的Gmeid1突變體表現(xiàn)良好的環(huán)境適應(yīng)性和增產(chǎn)潛力，為大豆育種提供了重要的基因資源。
Qin C, Li H, Zhang S, et al. GmEID1 modulates light signaling through the Evening Complex to control flowering time and yield in soybean[J]. Proc Natl Acad Sci U S A, 2023, 120(15): e2212468120.
北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心是由北大荒墾豐種業(yè)股份有限公司和上海澤泉科技股份有限公司共同建設(shè)的開(kāi)放式高通量植物基因型-表型-育種服務(wù)平臺(tái)。中心建立了基因克隆和載體平臺(tái)、作物轉(zhuǎn)化系統(tǒng)、基因型分析平臺(tái)、表型鑒定分析平臺(tái)、數(shù)據(jù)分析和利用平臺(tái)等現(xiàn)代化生物技術(shù)和信息支持平臺(tái)，是定位于為植物科研和作物育種提供植物基因型-表型-育種數(shù)據(jù)分析的科研服務(wù)平臺(tái)。
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分子標(biāo)記輔助選擇/回交育種服務(wù)
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植物結(jié)構(gòu)特征性很強(qiáng)，具有復(fù)雜的三維結(jié)構(gòu)。對(duì)自然界的植物形態(tài)及生長(zhǎng)發(fā)育進(jìn)行建模，有利于探索植物生長(zhǎng)過(guò)程的規(guī)律，同時(shí)還能在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中指導(dǎo)作物栽培、新品種選育及模擬農(nóng)作物管理。北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心培養(yǎng)室內(nèi)植物，對(duì)其進(jìn)行 3D 掃描成像，可構(gòu)建三維點(diǎn)陣云圖，還可以通過(guò)可見(jiàn)光結(jié)合計(jì)算機(jī)視覺(jué)，可進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化非破壞性的高通量分析。作物穗結(jié)構(gòu)與種子性狀屬于多基因位點(diǎn)控制的數(shù)量性狀，可間接反映產(chǎn)量潛力、種子的活力和質(zhì)量，研究穗結(jié)構(gòu)與種子性狀，對(duì)于育種、種質(zhì)資源研究具有深遠(yuǎn)意義。常規(guī)的穗結(jié)構(gòu)與種子性狀分析多采用人眼觀察、尺子測(cè)量的方法，誤差大，可實(shí)現(xiàn)的參數(shù)少，可重復(fù)性差。北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心標(biāo)準(zhǔn)化無(wú)損的高通量測(cè)量穗結(jié)構(gòu)以及種子，大大提高了測(cè)量精度以及效率。
溫室型高通量植物表型成像系統(tǒng)
實(shí)驗(yàn)室植物表型成像系統(tǒng)
掃描得到的植物 3D 點(diǎn)陣云圖
基于 Scanalyzer HTS 頂部可見(jiàn)光成像的包菜種子形態(tài)、大小篩選
擬南芥對(duì)稱性分析
應(yīng)用高通量表型平臺(tái)分析水分對(duì)黃瓜的影響
除了數(shù)量性狀的建模分析，北大荒墾豐種業(yè)-澤泉科技生物技術(shù)與表型服務(wù)中心還可以對(duì)植物質(zhì)量性狀進(jìn)行表型信息學(xué)分析。通過(guò)對(duì)擬南芥、甜瓜、橡膠的可見(jiàn)光頂部和側(cè)面成像，可以分析頂部和側(cè)面投影葉面積、緊湊度、圓度、生長(zhǎng)速率、卡尺長(zhǎng)度、株高、冠幅寬度、葉片顏色分布等形態(tài)參數(shù)。目前，平臺(tái)已針對(duì)小麥、水稻、玉米、黃瓜、番茄、辣椒、楊樹(shù)、丹參、擬南芥、煙草、蕎麥等多種植物進(jìn)行表型服務(wù)，服務(wù)內(nèi)容涉及脅迫生理，生長(zhǎng)模型構(gòu)建、生長(zhǎng)勢(shì)評(píng)價(jià)等領(lǐng)域。如您需要了解更多信息，請(qǐng)識(shí)別下方二維碼填寫登記表，我們會(huì)為您提供專業(yè)的服務(wù)，真誠(chéng)期待與您的合作！
